位于东(dōng)京(jīng)西部(bù)的巨大“学园都市”。在总(zǒng)人口达230万(wàn)人，其中约(yuē)8成(chéng)是学生🧑🎓的这座(zuò)都市中，实施(shī)着超能力开发的特殊(shū)课程，学生🧑🎓们的能力被给予(yǔ)从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六(liù)阶(jiē)段(duàn)评价。高(gāo)中生上条当麻，也是住在学园都市的学生🧑🎓之一。他由于隐(yǐn)藏(cáng)在右手中的力量——只要(yào)是异(yì)能之力，就连(lián)神的加(jiā)护(hù)都能消(xiāo)除的“幻(huàn)想杀(shā)手Imagine Breaker”，而被评价为名(míng)落(luò)孙山的“无能力”，过着充(chōng)满(mǎn)不幸(xìng)的人生。而上条的学生🧑🎓生活(huó)，由于暑(shǔ)假开始时从天(tiān)而降(jiàng)的纯(chún)白(bái)修(xiū)女(nǚ)而发生了巨大的变化。自(zì)从与逃(táo)离“魔法”世界的她(tā)——“禁(jìn)书目录(lù)茵蒂克丝”相遇(yù)开始，上条就被卷(juǎn)入(rù)了各种(zhǒng)各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊(jīng)险地解决(jué)双(shuāng)方事件的过程中，他的人际(jì)关系也逐步(bù)扩(kuò)展。之后，魔法一方的十(shí)字(zì)教最(zuì)大宗(zōng)派罗(luó)马(mǎ)正教，终(zhōng)于注(zhù)意(yì)到上条的存(cún)在……。如同呼应(yīng)魔法方一般(bān)，科学方的学园都市也有所动作(zuò)。但也有与逐渐(jiàn)开始对立的世界动向抗争(zhēng)的人不断出现。那些通(tōng)过与上条有所关联，而使(shǐ)命(mìng)运(yùn)大为改变的“英(yīng)雄(xióng)”们。他们挺(tǐng)身而出与世界对峙。如同上条当麻做(zuò)过的那样。科学与魔法第(dì)三(sān)次(cì)交织(zhī)之时，故事将(jiāng)大幅(fú)推(tuī)进(jìn)！